Dok voćni virus paradajza smeđeg voća zaražava biljke rajčice i papra širom svijeta, sjemenske tvrtke rade na uzgoju otporne rajčice.
Bogati genetski i genomski resursi bili su na raspolaganju uzgajivačima rajčica i prije početka genomskih projekata sekvenciranja rajčice. Velike kolekcije germplazme rajčice odavno su uspostavljene na nekoliko mjesta. Više od 75,000 pridruženih rajčica čuva se u genetskim bankama širom svijeta. Jedna od najvećih je USDA genska banka u Ženevi, NY.
Sekvenciranje genoma rajčice pokrenuto je 2005. godine kao multinacionalni napor između 14 zemalja i dovršeno 2012. Ovi napori uvelike su ubrzani primjenom umjetne inteligencije, strojnog učenja i naprednih algoritama za analizu velike količine genetskih i fenotipskih podataka.
Pan-genom rajčice
Istraživači s Instituta Boyce Thompson 2020. stvorili su visokokvalitetni referentni genom za divlju rajčicu kako bi proizveli cjelovitiji i korisniji pan-genom rajčice. Otkrili su dijelove genoma koji su u osnovi okusa, veličine i zrenja voća, tolerancije na stres i otpornosti na bolesti. Djelomično zahvaljujući najsuvremenijim tehnologijama sekvenciranja koje mogu očitati vrlo dugačke dijelove DNA, referentni je genom cjelovitiji i točniji od postojeće baze podataka.
Starije tehnologije sekvenciranja koje čitaju kraće dijelove DNA identificiraju mutacije na jednobaznoj razini. Međutim, nisu dobri u pronalaženju strukturnih varijanti poput umetanja, brisanja, inverzije ili dupliciranja velikih dijelova DNA.
Godine 2019. međunarodna skupina istraživača konstruirala je pan-genom rajčice koristeći sekvence genoma od 725 filogenetski i geografski reprezentativnih sorti. Ova baza podataka uključuje 4,873 gena koji nisu pronađeni u izvornom referentnom genomu. Sadašnje / odsutne analize varijacija otkrile su značajan gubitak gena i intenzivan negativan odabir gena i promotora tijekom pripitomljavanja i poboljšanja rajčice.
Kompletni članak pročitajte na www.seedworld.com.